Dans ce volet de la célèbre série, le joueur retrouve Layton, Luke et Emmy. L'intrépide trio est appelé à la rescousse pour arrêter le Gentleman Masqué, un être mystérieux qui terrorise la ville de Monte d'Or. Le Gentleman Masqué accomplit toutes sortes de miracles maléfiques et transforme même les villageois en statues de pierre ! Le Professeur voit en cela les agissements du Masque du Chaos, un masque conférant d'incroyables pouvoirs à son détenteur. Cette enquête propulse Layton aux confins d'un passé inquiétant, où se cache la clé des énigmes du présent. Des flashbacks permettront de rencontrer les parents de Layton, son ami d'enfance Randall, et d'incarner un Layton de 17 ans qui paiera le prix fort pour découvrir sa future passion : l'archéologie...
 
Pour progresser dans l'aventure, le joueur doit résoudre 150 énigmes inédites : mathématiques, logiques, taquins ... Les amateurs de casse-tête pourront même pendant un an, mettre leurs neurones à l'épreuve avec un casse-tête par jour distribué gratuitement via le Nintendo Network.
 
Avec l'effet 3D, le joueur est projeté encore plus au cœur de l'histoire de Professeur Layton et le Masque des Miracles. Il peut maintenant profiter d'une mise en scène sur plusieurs plans et voir ainsi les cinématiques prendre vie sous ses yeux.
 
D'autre part, un tout nouveau mode permet d'incarner le jeune Professeur et d'explorer des ruines et des labyrinthes. Aidez votre héros à sortir des salles piégées, à éviter toutes sortes d'obstacles et à esquiver d'effroyables momies !
 
Pour les amateurs, trois nouveaux mini-jeux sont à découvrir dans la Malle du Professeur. Le défi du Toy Robot vous propose de contrôler un robot mécanique, se déplaçant toujours à raison de trois pas successifs. Actionnez une multitude de mécanismes au fil des niveaux et faites progresser votre robot jusqu'à l'arrivée ! Dans le deuxième mini-jeu, One-Stop Shop, votre capacité à organiser les étalages sera mise à rude épreuve : créez des vitrines, attirez les clients, et vendez tous vos articles pour remporter la partie ! Enfin, dans le jeu Rabbit Show, aidez Luke à entraîner un lapin de cirque dont les talents désespèrent son dompteur officiel. Discutez avec le lapin et apprenez-lui de nouveaux tours pour persuader son maître de l'engager dans le cirque.
 
Retrouvez les prochaines révélations en consultant régulièrement le Hub officiel du Professeur . Des informations sur le jeu Professeur Layton et le Masque des Miracles seront données avant sa sortie le 26 octobre 2012, exclusivement sur Nintendo 3DS et Nintendo 3DS XL.