En plus des 6 jeux Mega Man fidèles à leurs versions originales, du mode Challenge, et d'autres fonctionnalités présentes lors de la sortie de la précédente version digitale, les joueurs vont bénéficier de nouveaux contenus bonus dans cette version 3DS. Onze nouveaux défis exclusifs peuvent être débloqués en utilisant votre amiibo Mega Man ou sa toute nouvelle version dorée disponible dans l'Edition Collector du jeu. De nouveaux croquis et concept arts ont également été ajoutés dans le Museum Mode, dont certains proviennent de cartouches NES ou de publicités datant des années 80 et 90.
Mega Man Legacy Collection rend hommage au personnage en 8-bit culte de Capcom, Blue Bomber. Le jeu propose une reproduction fidèle des 6 jeux originaux Mega Man (Mega Man 1-6) en plus de nouvelles façons d'apprécier des classiques de l'histoire du jeu vidéo grâce au Museum Mode et au nouveau mode Challenge. Le Mode Challenge mélange différents gameplay issus des 6 jeux originaux avec des défis de plus en plus difficiles pour plaire aux débutants comme aux joueurs les plus expérimentés. Le Museum Mode renferme une collection impressionnante de concept arts et croquis originaux, de quoi ravir les fans de la série et de l'histoire des jeux vidéo.
Mega Man Legacy Collection est maintenant disponible sur la boutique Nintendo 3DS.